Relativamente à construção das novas instalações do, ainda hoje, Colégio de São Francisco Xavier, teve como mentora a Madre Paul.

Assim sendo, a necessidade premente de novas instalações acelerou o processo de construção de um edifício apropriado às necessidades vigentes na altura.

Aberto este cenário, a 1 de fevereiro de 1955, realizou-se a cerimónia da bênção do terreno e o lançamento da primeira pedra, pelo Reverendo Padre José Gomes, Ouvidor Eclesiástico de Ponta Delgada desde 17 de novembro de 1930.

O projeto foi do arquiteto micaelense João Correia Rebelo, filho do ilustre artista micaelense Mestre Domingos Rebelo, nascido no ano de 1923 e formado em arquitetura na Escola de Belas Artes de Lisboa. O Colégio de São Francisco Xavier é a primeira das três grandes obras do arquiteto que marcaram a cidade de Ponta Delgada, devido ao seu conceito inovador para a altura. Não obstante o desagrado das autoridades eclesiásticas, face à ausência do convencional conservadorismo, a obra avançou, por ajuste direto à conceituada empresa Luís Gomes e Herdeiros, sob orientação do engenheiro António Gomes de Meneses.

A 11 de outubro de 1959, foi inaugurado o novo Colégio, sendo um edifício imponente, fruto de um projeto arrojado e inovador para a época.