O Colégio de São Francisco Xavier, com o alvará nº 893, é propriedade da Congregação de S. José de Cluny, fundada em França em 1807, por Ana Maria Javouhey.
Começou a funcionar, no dia 6 de fevereiro de 1893, no edifício da Escola Básica Integrada Roberto Ivens, na Rua do Mercado. Mais tarde, passou para o antigo Hotel de S. Pedro, atual Escola de Formação Turística e Hoteleira e, posteriormente, no Convento da Esperança.
Finalmente, a 11 de outubro de 1959 foram inauguradas as atuais instalações, na Rua Agostinho Pacheco, iniciando a sua actividade a 15 de outubro do mesmo ano, sob a orientação dos Diretores Padre José Gomes e Maria Luísa de Almeida Fernandes.
É uma instituição que está ao serviço da educação e tem como linha orientadora a pedagogia Cluny, que assenta na pessoa, na personalidade e na visão educativa de Ana Maria.
Esta visão educativa tem o cunho da sua personalidade, sempre fiel, criativa e religiosa, baseada na experiência e radicada na história, normativa e hierarquizada, interdependente entre os níveis religioso, científico, artístico e escolar.
Sendo uma pedagogia de discernimento em diálogo, modelada pelas circunstâncias e inserida na vida humanista e cristã, a sua ação é essencialmente religiosa, porque Deus é o fundamento da construção do edifício pedagógico e humanista, uma vez que aposta no Homem e em todas as suas dimensões.
É uma pedagogia fiel aos ensinamentos de Jesus Cristo e criativa porque tem gerido com sabedoria e equilíbrio a sua adaptabilidade à modernidade. “Sede do vosso tempo” – legado de Ana Maria à Congregação.
Esta pedagogia assenta em três vetores:
a) Vetor Escola – visa uma educação para a Excelência do saber em todos os domínios, assente em novas metodologias com caráter sistemático e crítico.
b) Vetor Católico – visa o estudo, o aprofundamento, a reflexão e a vivência das Verdades da Fé Católica, através das celebrações dos Mistérios da Fé Cristã.
c) Vetor Cultural – visa aprofundar um Tema Cultural, escolhido anualmente, de grande abrangência multidisciplinar, que permita à comunidade educativa uma visão específica da sua missão no Mundo.
