A Associação de Pais e Encarregados de Educação dos Alunos do Colégio São Francisco Xavier foi legalmente constituída em 1990, com a aprovação dos seus estatutos. No entanto, desde sempre, o Colégio contou com a colaboração de vários pais para a resolução de dificuldades e apoio ao desenvolvimento da instituição.
Os atuais órgãos sociais estão empenhados em recuperar esta história, para que o esforço e dedicação daqueles que abriram caminho ao movimento associativo não seja esquecido e sirva de motivação às atuais gerações de encarregados de educação, para que participem ativamente na educação das suas crianças.